首先，包装过程中，为了尽可能减少月饼中的微生物，目前国内外月饼包装主要是通过在月饼包装物内添加抑制或杀灭月饼及包装物和环境中的微生物为主的抗菌、抑菌剂。
其次，是尽量减少包装内的氧气含量。采用具有优异的隔氧性能的包装材料（如铝箔、PE、K树脂模等以及由它们制成的复合薄膜）并与真空或充氮包装结合使用。 再次，是采用阻湿性材料进行包装，以减少环境湿度较高时对月饼质量的影响。
目前，市场上月饼的包装方案主要有:用聚乙烯塑料袋、纸盒、浅盘外裹包、涂塑玻璃纸等包装形式 。纸盒包装内部衬垫塑料薄膜。也有采用玻璃纸与定向聚丙烯复合材料，这兼具有两种基材的优点，耐磨性很好，防潮性优异，而且改善了低温下的柔韧性，便于储运。PVDC高阻隔涂布膜在月饼的直接接触包装中应用广泛。
月饼的包装一般分为4个部分。
第一，是塑料托盘，用于固定月饼，减震，减少月饼在储运过程中的机械损伤，同时可以把月饼防潮剂袋隔开。
第三，是可选部分，纸盒具有美观，方便运输堆放，遮光的作用。纸盒上可印刷该产品特点，相关信息等内容吸引消费者。材料主要为复合纸，内衬PE、PT/PE、BOPP等，防潮效果好，可以设计为不同外形，回收率高，环保。
第四，可选部分，外包装盒，精美大方，适合于馈赠亲友。但容易造成浪费和过度包装的问题。近年来，月饼包装过于豪华，价格偏贵，甚至于包装盒价值远大于月饼价值的现象，浪费时有发生。主要材料有:瓦楞纸、布、复合塑料等。
现今，有部分月饼还保持原始的包装方法，用防油纸朴素包装，新颖吸引部分怀旧消费者，但由于防潮、隔氧和保护效果不佳，只适合于现卖产品，不适合长途运输。